La Administración de los recursos del Sistema de Garantía es de competencia del Fondo de Garantía de Depósitos de las Instituciones Financieras (FOGADE), por cuanto no podrá ser utilizado para finalidad distinta a la que expresamente establece la ley.

Los recursos del Sistema de Garantía son aportados por las instituciones financieras miembros del Sistema de Garantía de Depósitos, autorizadas para operar por la Superintendencia de Bancos y de Otras Instituciones Financieras, que capten recursos financieros del público bajo la figura de depósitos en el territorio nacional, incluyendo las sucursales de bancos extranjeros. Las fuentes de estos recursos son:

• La cuota inicial que corresponda a las instituciones financieras autorizadas para operar por la Superintendencia de Bancos y de Otras Instituciones Financieras, se calculará el 0.5% sobre el capital social mínimo establecido por la Ley General de Bancos, Ley N° 561.
• Las primas por garantía de depósitos que paguen las instituciones financieras, calculadas en la forma prevista en el artículo 25 de la Ley N° 551.
• Las transferencias o donaciones que puedan recibir de instituciones públicas o privadas, nacionales o internacionales.
• Los rendimientos de las inversiones del patrimonio formado por los recursos que se capitalizarán.
• Los recursos captados mediante la emisión de bonos del FOGADE, en condiciones de mercado. Dichos bonos serán colocados directamente por el FOGADE en los mercados de capitales y contarán con la garantía del Estado.